Le nouveau Champion du Monde Moto3 a profité de la première séance, qui se déroulait sur piste sèche, pour faire le temps de référence. La seconde séance se passant sur piste mouillée.
Brad Binder a tournée en 2’15.520 soit huit dixièmes de mieux que le pilote local Khairul Idham Pawi. Ce dernier a effectué le meilleur tour sur piste trempée. Sachant qu’il a déjà remporté deux GP sous la pluie, Pawi sera favori chez lui si il pleut lors de la course.
Francesco Bagnaia termine troisième devant Marco Ramirez et Livio Loi qui avait réalisé une belle course en Australie en termiannt 5e.
Aron Canet, Jorge Martin et Joan Mir complètent le Top 8 tandis que Jorge Navarro est 9e. L’Espagnol a en Malaisie l’opportunité de revenir sur Enea Bastianini dans leur duel pour le titre de vice-Champion puisque l’Italien, parmi les victimes de la chute collective de Phillip Island, n’est pas là pour défendre ses vingt-et-un points d’avance.