Le Champion du Monde Moto3 partira donc en pole pour la sixième fois de la saison à Sepang. La séance a commencé sous quelques gouttes de pluie et a été arrêtée par drapeau rouge en raison d’un véritable déluge.
Jorge Navarro pensait tenir la pole car il avait le meilleur temps avant l’interruption de la séance mais lors du retour en piste, Brad Binder a claqué son temps de référence. L’Espagnol partira second juste devant Francesco Bagnaia.
Lorenzo Dalla Porta mènera la deuxième ligne devant Gabriel Rodrigo et Niccolo Antonelli. Bo Bendsneyder s’élancera de la septième place devant Jorge Martin, Fabio Quartararo et Jorge Martin qui clôture le Top 10. Livio Loi s’est mal qualifié et partira de la 23e place.